国难当头，瘟疫横行，奸臣当道，内外交困。很明显，大明朝在崇祯十四年已经走上穷途末路。皇帝、官员、人民，统统不对前途抱什么希望，只在那卑微的苟延残喘，和叛军做着拉锯战，丝毫没有一举歼灭的斗志。想的只是眼前的蝇头小利，或者割据一方，或者寻找靠山，或是趁火打劫，或是中饱私囊。这一切聚集在一起，就成了反复折磨抗匪大将孙传庭的一个胸中大石：“我都不知道为谁而战!”

　　
        片中的两个主角看似站在一方，实属对立。看似都是为大明保家卫国，但出发点大相径庭。孙传庭的理念是舍小求大，为了达成目的，任何牺牲都不为过，他手段狠辣，毫不留情，生命的个体在他眼里是轻的，只要是为了江山社稷、国家兴亡的大义，任何生命都死不足惜。而医生吴又可却对功名利禄毫不动心，他是当时真正的专业人士，深知做好自己的业务，研究救人的方法，兢兢业业的干好自己的本职工作就够了，至于谁主沉浮由他去，即使改朝换代，医师常在，对他的饭碗也毫无影响。他的眼里只有个体的人，不管他是什么身份，只要帮助他祛病复健，就是吴医生最乐见之事了。
 

　　起先，吴医生不愿也不敢承担孙将军交付给他的大任，去控制凶猛的疫情。但孙将军论及医德一说，才使得吴医生感觉自己必须义不容辞地力挽狂澜，治病济世。医德的根本在于救死扶伤，舍己救人，神农尝百草，最后毒死了自己，华佗医曹操，导致杀身之祸，他们都是医人的殉道者。如果他们不关心别人的死活，如果他们只知道自己的利益，怎能编出奇药妙方，流芳百世!只有怀着献身于斯的精神，才能有勇气站在危险的第一线，无畏的赶走瘟神、祛除病苦。吴医生何尝不也在统领着一场战争!
 

　　吴医生立下了军令状，孙将军也立下了军令状。他们都在为了各自的目标拼全力的奋斗着。他们惺惺相惜，慢慢建立起信任。但道不同，最后必定分道扬镳。其实他们都没错，因为他们都各自尊崇了内心的选择，尽力做了必要的事情，最后的结果，也只能听天由命。
 

　　时代决定了两个人都是悲剧性的失败者，孙将军不能力挽王朝覆灭之祸，吴医生不能解救百姓于战火。但他们两却都是成功者，孙将军青史留名，吴医生著书立说。朝代的更替，人事的兴亡，都如匆匆流水，烟消云散。只有某些精神，某些信仰流传了下来。