感谢知友的指正，之前的回答确实不严谨。查了下植物学相关人士如植物学博士史军老师、果壳网生物领域达人顾有容老师的微博解释和相关资料，得出以下结论：两者学名都是Ananas comosus ，从根源来说都属于同一物种。

根据顾有容老师在微博上的博文，提到《中国植物志》13卷第一分册65页：“凤梨俗称菠萝，为著名热带水果之一”。（上一次修正后将结论放到文章中部了，有知友指出易混淆，故将修正后的结论调整到前面来了）

（该图片来自 果壳问答 的微博）

根据杭州网转载的《青年时报》标题为《菠萝凤梨傻傻分不清》（记者 张鹤 文 唐玮洁）的文章，也有较深入的分析（较长）：

从生物学上说

实际上，我们吃菠萝，吃的是它的花序轴，从功能和结构上说，就像我们平常吃的油菜心。关于这个花序轴的不同细节，有人把菠萝和凤梨分开。其实，我们在市面上能看到绿色和黄色、叶边缘有齿和没齿的两类凤梨，它们在水果市场上的商品名和形态虽然略有不同，但都属于同一物种，也就是Ananas comosus这个物种，至多只能算是不同的“品种”而已。至于叶子有齿没齿的，应该是品种的区别，类似红富士和黄元帅的区别。

如果从菠萝的个体上，可以找出一系列不同，它们的叶子从有明显的锯齿，到锯齿不太明显，到几乎没有锯齿或完全没有锯齿，所以所谓“菠萝”和“凤梨”不能算是两个不同物种。

而是否所谓菠萝需要泡盐水，凤梨不需要？其实它们多含有菠萝酶和一些苷类，只不过含量多少各异，建议都泡盐水，泡盐水是为了去掉菠萝酶，使之不易发生过敏和消滞。

从植物分类学上说

从前有一种水果，它是凤梨科,凤梨属,多年生常绿草本。它的学名叫Ananas comosus，最早的原产地巴西的印第安人称其为Nanas，意思是“香”，其学名的前一词Ananas由此衍生。

许多人都喜欢吃Ananas comosus，

为了让它更好吃，农学研究者和果农培育出了许多特征不同的品种，有的更甜，有的不用挑刺，有的适合做罐头……非常自豪地命名为AA，BB，CC……

不同的果农根据利润选择了不同品种，这些品种到了市场上，大家分不清楚。

有些人认为，AA叫凤梨，BB叫菠萝，CC和BB看起来差不多，也叫菠萝；

有些人认为，BB叫菠萝，AA叫凤梨。

大陆的水果店推广了个概念：把无刺的、皮泛青的Ananas comosus叫作凤梨，把有刺、叶片带齿的矮胖的叫作菠萝，最重要的一点是凤梨的价格几乎是菠萝的一倍（这段评论里有很多关于倍数的吐槽，表示是新闻报道原话我这边没改），绝对是Ananas comosus里的白富美。

在《中国植物志》13卷第一分册65页对Ananas comosus的定义是“凤梨俗称菠萝，为著名热带水果之一……”。

从传播历史上说

据考，人类使用和栽培菠萝最早应追溯到美洲古代印第安人。1492年，当哥伦布和他的小伙伴刚刚登上西印度群岛的一个岛屿时，抢先入眼的就是印第安人的菠萝田。中、南美洲的热带丛林就是菠萝的故乡。后来，菠萝传入荷兰，继而传遍欧洲，直到16世纪末，葡萄牙传教士又把菠萝引进了中国澳门，后入广东、海南、台湾、广西、云南等地。

传入台湾后，这种水果被叫作凤梨。据《台湾府志》记载：“果生于叶丛中，果皮似菠萝蜜而色黄，液甜而酸，因尖端有绿叶似凤尾，故名凤梨。”另外，“凤梨”在闽南话发音又称“旺来”，象征子孙旺旺来的意思。因而，在一些寺庙拜会上，会用凤梨来表示吉祥。

而传入大陆后，则多被叫作“菠萝”，这一名字的起源则与从东南亚传入的水果波罗密(蜜)有关。原被叫作“波罗”，后在民国时期，被加上草字头。

也就是说，凤梨和菠萝只是同一种水果传入不同地区后演变出的不同称呼而已。

新闻链接：菠萝凤梨傻傻分不清